Comparison Shows Life Tech's CastPCR Provides Equivalent Results to Therascreen for KRAS Detection

Jan 19, 2015

Biomarker screening is becoming an essential part of oncology treatment, but the cost and flexibility of molecular and companion diagnostics have been a barrier to uptake.

- 바이오 마커 검사 는 종양 치료의 중요한 부분이 되고 있지만, 비용과 분자 및 동반 진단의 유연성이 장벽이었다.

For patients with metastatic colorectal cancer, physicians can use KRAS mutation assays to guide certain therapies. The Therascreen KRAS RGQ PCR kit from Qiagen was approved by the US Food and Drug Administration as a companion diagnostic for Lilly's drug Erbitux (cetuximab) in 2012, and for Amgen's colorectal cancer drug Vectibix (panitumumab) last May.

- 전이성 대장암 환자의 경우, 의사들은 특정 치료법을 안내 할 수 있는 KRAS mutation assay를 사용할 수 있다. 퀴아젠의 The Therascreen KRAS RGQ PCR kit는 2012년 Lilly의 ‘Erbitux (cetuximab)’를 사용하기 위해 동반진단기기로써 FDA의 승인을 받았고, 작년 5월에는 Amgen의 Vectibix (panitumumab) 를 사용할 수 있도록 승인 받았다.

A study published this month in PLoS One now demonstrates that a test developed using Thermo Fisher Scientific brand Life Technologies' competitive allele-specific TaqMan PCR, or castPCR, is essentially equivalent to Therascreen for KRAS mutation detection. The castPCR customizable plates potentially have the advantage of a less complicated workflow with flexible biomarker selection, and may be cheaper, according to one of the study's authors.

- 이번 달 Plos One에 발표된 한 연구는 Thermo Fisher Scientific brand Life Technologies' competitive allele-specific TaqMan PCR 또는 castPCR를 사용하여 개발된 테스트는 KRAS mutation 검출을 위한 Therascreen 의 것과 본질적으로 동일하다.

castPCR 맞춤형 플레이트는 잠재적으로 flexible 바이오마커 선택과 덜 복잡한 workflow의 장점 및 더 저렴하다.

Also, whereas the Therascreen assay is locked in at seven mutations, user-customized castPCR plates "allow larger numbers of clinically relevant mutations to be included … providing a real alternative to next generaltion sequencing, particularly for laboratories without this facility," according to the study.

- 반면, Therascreen assay는 7개의 mutation에 한정되어 있고, 연구에 따르면 맞춤 castPCR 플레이트는 "특히 이 기능이 없는 실험실에 대해, 다음 generaltion 순서에 진정한 대안을 제공하는 ... 임상적 돌연변이 의 큰 숫자를 포함 할 수 있도록 " 하게 한다.

"We wanted a simpler method with less pipetting steps," Ian Cree, professor of pathology at Warwick Medical School in Coventry, UK and author on the study, wrote in an email to GenomeWeb. "One of the major costs in diagnostic laboratories is staff time, and a manufactured plate was therefore likely to be a good solution," he said. "It is important to validate diagnostics adequately against existing methods, and we felt that castPCR might have some advantages for us in our laboratory," Cree said.

- 사용자들은 피펫팅 단계를 더 줄이는 간단한 방법을 원함.

“진단 연구실에서 큰 비용 중 일부는 일하는 시간이다. 제조된 플레이트는 좋은 해결책처럼 될 것이다. 그것은 기존의 방법에 대해 적절하게 진단을 입증하는데 중요하여 우리는 cast은 우리 연구실에 이득을 줄 것이다.

Funding for the research came from Merck Serono, while Life Tech provided discounted reagents and castPCR plates. Cree has also lectured on behalf of Life Tech regarding use of Ion Torrent next-generation sequencing arrays in its network of European pathology laboratories, OncoNetwork.

- Merch Seronod로부터 연구 투자를 받은 Life Tech는 시약 및 castPCR 플레이트를 싸게 제공했다. Cree는 European pathology laboratories의 네트워크 안에서 Ion Torrent NGS 기법의 사용으로 Life Tech를 대신하여 강의해 왔다.

The study aimed to assess the status of seven KRAS mutations in codon 12 and 13 from 99 formalin-fixed, paraffin-embeded colorectal cancer biopsies.

- 본 연구의 목적은 99개의 FFPE 대장암 검체로부터 codon 12,13번의 7개의 KRAS mutation의 위치에 접근하는 것이다.

The customized castPCR plates, which are sold containing pre-dispensed reagents, used a panel that included the same markers as the Therascreen KRAS assay, plus six additional KRAS mutations. They also included an assay for the V600E BRAF mutation, which the authors maintained will likely be a part of future colorectal cancer companion diagnostics testing based on an analysis published in The Lancet Oncology.

- 사전 분배 시약을 포함한 맞춤 castPCR plate는 Therascreen KRAS assay로 동일 마커를 포함한 6개 KRAS mutation을 추가한 panel을 사용한다. 

또한 V600E BRAF mutation을 위한 분석 방법을 포함하여, The Lancet Oncology에 발표한 분석을 기반으로 향후 대장암 동반진단테스트의 일부가 될 것이다.

Customizing the castPCR plates is "really very simple," Cree said. "If you know the genes you want to look at, and the mutations required, then it is possible to choose these from a list of mutations on the Life Technologies website," he noted, adding that customer support for the plates can help resolve any issues.

- 맞춤 castPCR 플레이트는 “매우 간단” 하다고 말했다.

“당신이 유전자를 안다면, 당신은 보고, mutation을 요구할 것이며, 그 때 Life Technologies 웹사이트에서 mutation list로 부터 선택할 가능성이 있다. 고객들이 그 어떤 문제도 해결할 수 있게 plate를 지원한다.

For cancer mutation detection, the castPCR plates can be customized using 586 different mutations in 45 different genes, according to Life Tech's website. The reagents are available in 96- or 384-well plates, and can be provided wet or lyophilized.

- 종양 변이 검출을 위한 castPCR 플레이트는 45개의 다른 유전자를 586개 다른 변이를 사용하여 고객맞춤형을 될 수 있다. Life Tech’s 웹사이트에 따르면.

시약들은 96개 또는 384 well 플레이트를 사용할 수 있고, 젖거나 동결건조하여 공급할 수 있다.

The research was done at both Queen Alexandra Hospital in Portsmouth, and the Warwick Medical School in Coventry, UK. Both sites used the Maxwell DNA extraction platform and reagents from Promega. Each site tested the full set of 99 samples.

- 연구들은 영국 Portsmouth의 Queen Alexandra Hospital 과 Coventry의 Warwick Medical School에서 수행하였다. 두 지역 모두 Promega로 부터 Maxwell DNA 추출 플랫폼과 시약을 사용하였다. 각 지역에서 99개의 샘플 full set를 테스트하였다.

One site processed all samples in 96-well plates using the Applied Biosystems 7500 Fast Dx real-time PCR machine. The other site processed the Therascreen assays in tubes using Qiagen's Rotor-Gene platform and ran the castPCR on the Life Tech ViiA7. Overall, with three exceptions, Therascreen and castPCR called the samples identically. After re-testing, however, the three discrepant results were reconciled.

- 한 지역에서는 Applied Biosystems 7500 Fast Dx real-time PCR machine를 사용하여 96 well plate에 모든 샘플을 처리하였다. 다른 지역에서는 Therascreen assays in tubes using Qiagen's Rotor-Gene platform and ran the castPCR on the Life Tech ViiA7 실행하였다.

Overall, with three exceptions, Therascreen and castPCR called the samples identically. After re-testing, however, the three discrepant results were reconciled.

- 전반적으로 3개의 예외를 포함하여, Therascreen과 castPCR의 동일 샘플을 하였다.

그러나, 재 테스트 후 3개의 모순된 결과를 조정하였다.

There has been some discussion of the lack of adoption of the Therascreen KRAS test as a companion diagnostic, as previously reported. Merck Serono surveyed a group of UK oncologists in 2012 and found that cost was a barrier to biomarker testing.

- 이전에 보고 된 것과 같이 동반진단으로써 Therascreen KRAS test의 채택의 부족에 대해 몇가지 논란이 있었다. 2012년 영국의 종양학자 그룹이 조사한 Merck Serono는 바이오마커 테스트에 대한 장벽이 비용이라는 것을 발견했다.

Cree noted that the Royal College of Pathologists recently launched a project to help laboratories better assess the costs of molecular pathology services. The business planning tool comprises a spreadsheet which populates a form letter that labs can use for funding applications to demonstrate the "value and rationale to investing in further diagnostics tests."

Merck Serono and Life Tech have been collaborating to co-develop pharmaceuticals and companion diagnostics since mid-2013. Merck also recently signed a deal with Sysmex Inostics to develop a circulating tumor DNA biomarker for metastatic colorectal cancer, estimating a CE mark some time in 2015.

- Cree는 Royal 대학의 종양학자로 최근에, 더 나은 실험실 도움을 위해 분자병리학서비스의 비용을 평가하기 위한 프로젝트를 시작했다고 발표.

사업계획도구는 연구실에서 “추가 진단 테스트에 투자 가치 및 이론적 근거”를 입증 할 수 있는 투자 application을 위해 사용할 수 있는 편지 양식의 스프레드 시트로 구성되어 있다.

Merck Serono와 Life Tech는 2013년 중반부터 동반진단과 의약품을 공동 개발하는데 협력하고 있다. Merck 는 또한 Sysmex Inostics와 2015년에 CE 마크를 평가받을 수 있게 전이성 대장암에 대한 circulating tumor DNA 바이오 마커를 개발하는 계약을 체결했다.

The number of FDA-approved drugs with pharmacogenomic information in their labeling has quadrupled in the past four years, as has the list of approved companion diagnostics, despite apparent hesitation on the part of big pharma firms toward investing, as recently covered by GenomeWeb. Firms such as Illumina, Transgenomic, andTrovagene are also pursuing KRAS biomarker tests, while Qiagen's Therascreen EGFR test was recently approvedas a companion diagnostic for Boehringer Ingelheim's metastatic non-small cell lung cancer, Gilotrif (afatinib).

- 약물 정보와 함께 FDA 승인을 받은 약물의 수는 지난 4년 동안 4배가 되었고, 동반진단으로 허가 받은 수는 큰 제약 기업 측의 투자를 받기위해 명백하게 주저하고 있다.

Illumina, Transgenomic, Trovagene 와 같인 또한 KRAS 바이오마커 테스트를 추구한다. Qiagen's Therascreen EGFR test는 최근 Boehringer Ingelheim's metastatic non-small cell lung cancer, Gilotrif (afatinib)를 동반진단제로 허가 받았다.